Lorsque Cheikh Ahmadou Bamba Mbacké avait 7 ans, son père l’a confié à son oncle Thierno Mboussobé pour étudier le Coran. Ce dernier le confiera à l’oncle de sa mère Serigne Tafsir Mbacké Ndoumbé pour compléter son étude du Coran. Après la mort de Tafsir Mbacké, Cheikh Ahmadou Bamba est retourné à l’école de son père et il n’en est jamais sorti. Du vivant de son père, il a lu des livres sur le Tawhid, notamment Oum al barahim de Cheikh Abdallah Sanoussi, qu’il a nommé Mawahib al Qoddous. Cette œuvre de 600 vers a incité son père Momar Anta Saly à l’introduire dans son programme scolaire. Le chef écrira d’autres livres, dont Tazawudou Cikhar (le viatique des jeunes ou lieu saint) et Jawharou Nafis (le joyau précieux ou pierres précieuses), qui sont écrits pour les commentaires de poésie de l’imam Abd al-Rahman Al-Akhdari.

Chez les soufis, Cheikh Ahmadou Bamba a expliqué un petit essai Bidayat al Hidaya de l’imam Ghazâli, qu’il a nommé Moulayyinou Soudour. Il a également écrit des hymnes et des hymnes spécifiquement pour Allah et le prophète Mahomet. Son père quitta Patar en 1880 pour fonder un autre village appelé Mbacké Cayor, et mourut en 1883, trois ans plus tard. Ahmadou Bamba a passé 2 ans à Mbacké Cayor, dans le but d’aider les disciples de son père à approfondir leurs connaissances. Il a affirmé que le prophète Mahomet lui était apparu et lui a demandé d’éduquer ses disciples par l’apprentissage. Il rassembla tous les étudiants de l’école du Coran et leur dit : « Si vous voulez seulement étudier le Coran, vous pouvez vous adresser à de nombreux enseignants dans ce pays. Que ceux qui veulent apprendre à atteindre la proximité divine restent avec moi.». Après avoir dit cela, il les laissa décider par eux-mêmes, à la fin, il n’y avait que 39 disciples, l’un des plus grands disciples du pays.

En 1889, le gouverneur français Clément Thomas a vu trop de gens prêter allégeance et a ordonné au Cheikh Ahmadou Bamba de renvoyer ses disciples chez eux, mais ses instructions étaient invalides. La persécution généralisée s’ensuivit, et les Muridiens furent privés de leurs biens, alors une fuite vers Touba fut organisée.

Après plusieurs tentatives infructueuses pour inviter le chef à se présenter à Saint-Louis, l’assignation est devenue menaçante, mais n’a pas donné suite. Ahmadu Bamba quitte Touba en avril 1895 et s’installe au Djolof, à 50 kilomètres au nord de Touba. Le 10 août 1895, il décide de quitter Mbacké Bari en réponse à l’appel du gouverneur, et rencontre en chemin l’armée coloniale à Javor. Il a été arrêté par ce dernier, qui l’a emmené à Coki puis à Louga pour prendre le train jusqu’à Saint-Louis. À Saint-Louis, c’est le siège du gouverneur de l’Afrique occidentale française (AOF). Le jeudi 5 septembre 1895, le Conseil privé, dirigé par le gouverneur Luis Mutat, convoqua une réunion qui prit finalement la décision d’envoyer Cheikh Ahmadou Bamba au Gabon.

Son frère Mame Thierno Birahim Mbacké a rattrapé son absence auprès de sa famille et de la communauté mouride. Le gouvernement colonial a prouvé par la suite que sa décision était correcte en affirmant : «Il ressort clairement du rapport que nous ne pouvons trouver aucun fait concernant Ahmadu Bamba prêchant le djihad, mais son attitude et son comportement, en particulier le comportement de ses principaux étudiants, sont douteux à tout égard ».
Il embarque le 21 septembre 1895 sur le paquebot brésilien Pernambuc et se rend au Gabon où il passe 7 ans dont 5 à Mayumba et 2 à Lambaréné. À Ma Yunba, il a été envoyé dans la nature dans des endroits presque inhabités, sans abri ni nourriture, à la merci des bêtes sauvages, et sous les intempéries de la région tout au long des quatre-saisons. L’objectif des autorités coloniales était de complètement l’éliminer.

Le 11 novembre 1902, le navire Ville de Maceio dans lequel Cheikh Ahmadou Bamba était embarqué arrive à Dakar après 15 jours de navigation. Lorsque de nombreuses personnes ont cru qu’il était mort, ses partisans l’ont salué et ont été acclamés par la foule. Il décida de rendre visite à quelques disciples. Avec eux, il fonda le village de Darou Marnane. Sa principale préoccupation à cet égard est l’éducation spirituelle de ses talibés. A Darou Marnane, de nombreuses personnes de tout le pays sont venues lui rendre visite.

Ces mouvements de foule inquiètent à nouveau le gouvernement colonial, ils décident de l’arrêter et de l’exiler en Mauritanie avec le savant Maure Cheikh Sidiyababa. À Sarsara en 1904, Cheikh Ahmadou Bamba prétendait avoir vu le Prophète s’éveiller, et ce dernier lui donnerait son propre wird ou âme (la voie soufie Karkariya). Cheikh Ahmadou Bamba resta en Mauritanie jusqu’au 26 avril 1907, soit quatre ans, et fut autorisé par les autorités coloniales à rentrer au Sénégal. De retour chez lui, il a été placé en résidence surveillée à Thiene.

Dans ce lieu, Ahmadou Bamba et son entourage sont étroitement surveillés, et les visites de ses disciples sont restreintes.

Après avoir obtenu l’autorisation de retourner à Bauer dans une lettre écrite par Henry François Charles Cole, gouverneur du Sénégal, au gouverneur William Meloud-Ponty de l’AOF, Cheikh Ahmadou Bamba Parti de Thienes le 12 janvier 1912 et arrive à Dioulber le 16 janvier 1912. Il s’installe dans un endroit de son choix en février 1913, qu’il appela la Maison de la Bénédiction (buuq’at al-mubâraka), ou Keur gou Mak en Wolof. Les autorités françaises ont compris que Cheikh Ahmadou Bamba ne voulait pas la guerre. Par conséquent, comme les enseignements de Cheikh Ahmadou Bamba ont servis les colons, ils ont décidé de coopérer avec lui. En raison de sa contribution à la Première Guerre mondiale, Cheikh Ahmadou Bamba a reçu la Médaille d’honneur du gouverneur, et il a reçu la Légion d’honneur et la Croix de chevalier en janvier 1919. Le marabout accepta le diplôme, mais il refusa de porter la croix de la Légion d’honneur parce que ses principes religieux s’y opposaient.